Основан в 1544 году княгиней Ефросиньей, женой последнего удельного князя Андрея Старицкого (младшего сына Ивана III). Впоследствии монастырь стал местом заключения и гибели княгини, которая не скрывала желания видеть русским царем после смерти Ивана IV своего сына, князя Владимира Андреевича Старицкого, чем и заслужила особую ненависть Ивана Грозного. Не раз вынужден был Владимир Андреевич Старицкий давать клятвенные записи о своей лояльности: "Если мать моя, княгиня Ефросинья, станет подучать меня против сына твоего, царевича Ивана..., то мне матери своей не слушать... Если узнаю, что мать моя, не говоря мне, сама станет умышлять какое-нибудь зло над сыном твоим, царевичем Иваном..., то мне объявить об этом сыну твоему...". И все же в 1563 году по приказу Ивана Грозного княгиня была насильно пострижена в монахини под именем Евдокии и "похоте жити на Белоозере в Воскресенском девичьем монастыре, где преж того обет свой положила, и тот монастырь сооружала". В 1569 году Владимир Андреевич и вся его семья были зверски убиты, а княгиня-мать (монахиня Евдокия) и ее невестка, Евдокия Александровна (жена Владимира Андреевича) утоплены возле монастырских стен в Шексне по царскому приказу.